Ο Τομέας Ψαλτικής και Μουσικολογίας ιδρύθηκε το 2013. Σκοποί του Τομέα είναι η έρευνα, μελέτη, καταγραφή, διάσωση και προβολή του βυζαντινού και μεταβυζαντινού μουσικού πολιτισμού, ιδιαιτέρως της εκκλησιαστικής ψαλτικής, όπως διασώζεται στην ζώσα παράδοση των φυσικών του φορέων, κληρικών και ιεροψαλτών και όπως καταφθάνει ως τις ημέρες μας μέσω των άμεσων και έμμεσων πηγών του (μουσικά χειρόγραφα, θεωρητικά συγγράμματα και μελέτες, ιστορικές μαρτυρίες, πατερική και κοσμική γραμματεία κ.λπ.). Ένα από τα κυριότερα ενδιαφέροντα του Τομέα είναι η καταγραφή και μελέτη της τοπικής ψαλτικής παράδοσης της Μαγνησίας και της Μητρόπολης Δημητριάδος, μέσα από τη συγκέντρωση, ταξινόμηση και μελέτη των σχετικών πηγών ή μαρτυριών. Για την επίτευξη των ανωτέρω σκοπών πρωταρχικό μέλημα του Τομέα είναι η οργάνωση ενός μουσικού αρχείου κάθε είδους ηχητικών καταγραφών, φωτογραφιών, καταλοίπων, εγγράφων, χειρογράφων, και λοιπών πηγών για την έρευνα και μελέτη της Ψαλτικής στην Μαγνησία αλλά και πέραν αυτής, καθώς και η συγκρότηση μιας μουσικής και μουσικολογικής βιβλιοθήκης.
Επιπλέον, ο Τομέας στοχεύει να φέρει κοντά ερευνητές, επιστήμονες και επιστημονικούς φορείς, των οποίων το γνωστικό αντικείμενο ή τα ερευνητικά ενδιαφέροντα σχετίζονται αμέσως ή εμμέσως με την Ψαλτική, και να δημιουργήσει ένα δίκτυο συνεργασιών και διαδράσεων. Ως εκ τούτου, αποβλέπει σε συνεργασίες και ανταλλαγές με το Ίδρυμα Βυζαντινής Μουσικολογίας της Ι. Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος, με τα Προγράμματα Ψαλτικής των Ανωτάτων Εκκλησιαστικών Ακαδημιών, με τους ανάλογους Τομείς Πανεπιστημιακών Σχολών της Ελλάδος και του εξωτερικού, με καλλιτεχνικούς φορείς (Σύλλογοι και Σύνδεσμοι Ιεροψαλτών, Σχολές Βυζαντινής Μουσικής) κ.λπ. Ήδη έχει πραγματοποιήσει τέσσερα διεθνή συνέδρια και άλλες ημερίδες, επιμορφωτικά σεμινάρια αλλά και καλλιτεχνικές εκδηλώσες περί την Ψαλτική, και μέλη του έχουν κατ’ επανάληψη συμμετάσχει σε ανάλογες διοργανώσεις. Επίσης, έχει εκδόσει ως τώρα έναν αριθμό βιβλίων και δίσκων, και έχει δημιουργήει σχετικές ιστοσελίδες, με σκοπό τη διάχυση των σχετικών πληροφοριών και πορισμάτων των ανωτέρω δράσεων σε κάθε ενδιαφερόμενο. Διευθυντής του Τομέα υπήρξε από το 2013 ως το 2022 ο Κωνσταντίνος Χ. Καραγκούνης, Αναπληρωτής Καθηγητής της Ανωτάτης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Αθηνών.
Ο Τομέας Μελέτης της Χειρόγραφης Παράδοσης της Καινής Διαθήκης ιδρύθηκε το 2013. Κύριος σκοπός του είναι η κριτική έκδοση του βυζαντινού κειμένου, το οποίο χρησιμοποιείται από την Oρθόδοξη Ανατολική Εκκλησία ως το λειτουργικό της κείμενο. Ως επιμέρους στόχοι ορίζονται η εξεύρεση, συγκέντρωση, φωτογράφιση, μεταγραφή και μελέτη των χειρογράφων (συνεχές κείμενο ή εκλογάδια) που διασώζουν τον βυζαντινό τύπο κειμένου, η εκπαίδευση και επιμόρφωση ειδικών στην κριτική του κειμένου, η οργάνωση συνεδρίων και σεμιναρίων, οι κριτικές εκδόσεις του κειμένου της Καινής Διαθήκης και ειδικότερα η επανέκδοση της Πατριαρχικής έκδοσης του 1904 με βελτιώσεις, διορθώσεις και εν γένει εφαρμογή της σύγχρονης επιστημονικής μεθοδολογίας, η μελέτη και ανάδειξη της οποιασδήποτε μορφής πρόσληψης και ερμηνευτικού υπομνηματισμού του κειμένου της Καινής Διαθήκης στα βυζαντινά χειρόγραφα (λειτουργικά χειρόγραφα, ερμηνευτικές σειρές κτλ), η συμμετοχή σε διεθνή επιστημονικά fora, η συνεργασία με αντίστοιχα ερευνητικά ιδρύματα του εξωτερικού, η έκδοση ηλεκτρονικού επιστημονικού περιοδικού για τη διάχυση των αποτελεσμάτων του ερευνητικού έργου, η κατασκευή και συντήρηση σχετικής ιστοσελίδας για την ενημέρωση της διεθνούς ακαδημαϊκής κοινότητας, η συνεργασία με τις Ορθόδοξες Εκκλησίες της Ανατολής για την επανέκδοση και την κριτική διόρθωση του εν χρήσει λειτουργικού κειμένου της Καινής Διαθήκης (ειδικά στα σύγχρονα εκλογάδια) με βάση την έρευνα στη χειρόγραφη παράδοση.
Ο ως άνω Τομέας α) καλύπτει ένα σημαντικό κενό στην έρευνα, καθότι τα αντίστοιχα διεθνή ερευνητικά κέντρα ασχολούνται με άλλες μορφές της κειμενικής παράδοσης της αρχαίας Εκκλησίας (π.χ. αλεξανδρινός τύπος κειμένου, πάπυροι, αρχαίες λατινικές μεταφράσεις κ.ά.), έχοντας ως στόχο τους την εγγύτερη δυνατή προσέγγιση του αρχικού κειμένου (original text) της Καινής Διαθήκης, και όχι την αποκατάσταση του «ζωντανού κειμένου» (living text) στο πλαίσιο της βυζαντινής παράδοσης β) θα ερευνήσει και θα αναδείξει ένα σημαντικό τμήμα της παράδοσης της αρχαίας Εκκλησίας, το οποίο ως τώρα δεν έχει αξιοποιηθεί επαρκώς γ) θα προσφέρει ουσιαστικές υπηρεσίες κυρίως στις ελληνόφωνες Ορθόδοξες Εκκλησίες συμβάλλοντας στην επανέκδοση του κειμένου της Καινής Διαθήκης που χρησιμοποιείται στην καθημερινή λειτουργική τους πράξη δ) θα προβάλει σε διεθνές επιστημονικό επίπεδο την τεράστιας πολιτιστικής αξίας και σημασίας κληρονομιά των ελληνικών χειρογράφων της Καινής Διαθήκης.
Διευθυντές του Τομέα ορίστηκαν οι εκ των μελών του Δ.Σ. της Ακαδημίας Θεολογικών Σπουδών (1) ο Χρήστος Καρακόλης, Καθηγητής Καινής Διαθήκης του Πανεπιστημίου Αθηνών, μέλος της Εκδοτικής Επιτροπής των κριτικών εκδόσεων της Καινής Διαθήκης “Nestle-Aland” και “Greek New Testament”, μέλος της Επιτροπής Επιστημονικών Εκδόσεων της Γερμανικής Βιβλικής Εταιρίας, μέλος της Διοικούσας Επιτροπής της Studiorum Novi Testamenti Societas και αντιπρόεδρος της Επιτροπής της για την ανάπτυξη της Καινής Διαθήκης στην Ανατολική Ευρώπη, μέλος της Συμβουλευτικής Επιτροπής του περιοδικού Early Christianity, του Colloquium Oecumenicum Paulinum και του Colloquium Ioanneum και (2) η Αικατερίνη Τσαλαμπούνη, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Καινής Διαθήκης στο ΑΠΘ, μέλος της Διοικούσας Επιτροπής της European Association of Biblical Studies, μέλος του Δ.Σ. της European Society of Women in Theological Research, μέλος της Society of Biblical Literature, του Colloquium Oecumenicum Paulinum και της Γενικής Συνέλευσης της Ελληνικής Βιβλικής Εταιρίας.
Ο Τομέας Κανονικής Θεολογίας ιδρύθηκε το 2014 και έχει σκοπό να ερευνήσει, να μελετήσει και να αναδείξει θέματα: α) Κανονογέννησης και Κανονογένεσης, β) Κανονικής Παραδόσεως και γ) Κανονικής Ερμηνευτικής. Αναλυτικότερα, η τρίπτυχη αυτή έρευνα θα καλύψει συνολικά, από άποψη μελέτης, έρευνας σπουδής και ζωής της Εκκλησίας:
α) το ευρύ φάσμα των δύο χιλιετιών, με σαφή κατ’ αρχάς επικέντρωση στις Κανονικές Πηγές που αναδύθηκαν συνοδικά στην πρώτη χιλιετία, την χιλιετία της κανονογέννησης, με εισαγωγικά και ιστορικά προλεγόμενα σε αυτήν, καθώς και κειμενικά ζητήματα και ζητήματα κριτικής των κανονικών κειμένων, για να μελετηθούν στη συνέχεια οι κανονικές προεκτάσεις και απορροές της, που εμπεριέχονται στις επόμενες δύο γενικές πτυχές έρευνας.
β) Θέματα Κανονικής Παραδόσεως της Εκκλησίας όπως (ενδεικτικά):
1) Ιστορία των έντυπων εκδόσεων των Ιερών Κανόνων (16ος-20ός αι.)
2) Οι Κανονικές Συλλογές Πηδάλιο και Σύνταγμα Ράλλη-Ποτλή (19ος αι.) της Ορθόδοξης Εκκλησίας και η Μεταβυζαντινή Ερμηνευτική
3) Εκκλησιολογία και Διοικησιολογία των Ιερών Κανόνων
γ) Θέματα της Κανονικής Ερμηνευτικής στην σύγχρονη εποχή όπως (ενδεικτικά):
1) Σύγχρονα εκκλησιο-κανονικά ζητήματα
2) Πολιτεία, Ορθόδοξη Εκκλησία και Θρησκεύματα στην Ελλάδα, την Ευρώπη και την Οικουμένη
3) Κανονικό Δίκαιο και Διεθνής Πολιτική
Διευθυντής του Τομέα Κανονικής Θεολογίας ορίστηκε ο Μητροπολίτης Περιστερίου κ. Γρηγόριος (Παπαθωμάς), μέλος του Δ.Σ. της Ακαδημίας, Καθηγητής Θεολογικής Σχολής Πανεπιστημίου Αθηνών και Ινστιτούτου Ορθόδοξης θεολογίας «Άγιος Σέργιος» Παρισίων, Πρόεδρος του Ευρωπαϊκού Φόρουμ Ορθοδόξων Θεολογικών Σχολών (EFOST), Κοσμήτωρ στο Θεολογικό Σεμινάριο «Άγιος Πλάτων Ταλλίνης» (Εσθονία), Μέλος της Συντακτικής Επιτροπής των Γαλλικών Ορθόδοξων περιοδικών Contacts και Le Messager Orthodoxe (Παρίσι), και του Ορθόδοξου Εσθονικού περιοδικού Usk Ja Elu (Τάλλιν), Μέλος της Συνοδικής Επιτροπής Διορθοδόξων και Διαχριστιανικών Σχέσεων, Μέλος του Δ. Σ. του Διορθοδόξου Κέντρου της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος (Πεντέλη).
Ο Τομέας Διαθρησκειακών Σπουδών ιδρύθηκε το 2014 και έχει ως αντικείμενο του τη μελέτη του πολύπλευρου θρησκευτικού φαινομένου στις επιμέρους σύγχρονες εκδηλώσεις του (με έμφαση στις πιο οικείες στον ελληνικό χώρο μονοθεϊστικές θρησκείες του Ιουδαϊσμού και του Ισλάμ) με την χρήση των κατάλληλων πορισμάτων της θρησκειολογικής έρευνας, όπως αυτή έχει διεθνώς αναπτυχθεί.
Η σπουδαιότητα της μελέτης του θρησκευτικού φαινομένου είναι προφανής τόσο διότι η θρησκεία αποτελεί βασική πτυχή της ίδιας της ανθρώπινης ύπαρξης, συνυφασμένη με την ίδια την ταυτότητά της, όσο και επειδή η θρησκεία έχει διαχρονικά αποτελέσει αντικείμενο εκμετάλλευσης από ποικίλες πλευρές με συνέπεια η κοινώς λεγόμενη «επιστροφή της θρησκείας» στον δημόσιο χώρο να χρωματίζεται συχνά με μελανά χρώματα. Σε μια περίοδο όπου λιγότερο ή περισσότερο φαίνεται να πριμοδοτείται η μισαλλοδοξία και η βία, ο διάλογος μεταξύ των διαφόρων θρησκευτικών παραδόσεων μέσα στο πλαίσιο της σοβαρής επιστημονικής έρευνας αναφορικά με τη θέση της θρησκείας στον δημόσιο χώρο, θα μπορέσει να καλλιεργήσει όχι μόνο την αμοιβαία γνώση αλλά και να συμβάλει στην αρμονική και ειρηνική συνύπαρξη των επιμέρους ανθρώπων και παραδόσεων στον σύγχρονο πλουραλιστικό κόσμο. Πέραν των ανωτέρω, σκοπός του Τομέα θα είναι να αξιοποιήσει την μακραίωνη εμπειρία συμβίωσης των τριών μονοθεϊστικών θρησκειών στην ευρύτερη περιοχή της Μεσογείου και να εγκαινιάσει δράσεις και τράπεζες λόγου για την προαγωγή της καταλλαγής σε περιβάλλοντα θρησκευτικής ετερότητας.
Διευθύντρια του Τομέα Διαθρησκειακών Σπουδών ορίστηκε η Δρ. Αγγελική Ζιάκα, μέλος του Δ.Σ. της Ακαδημίας, Καθηγήτρια του Τμήματος Θεολογίας ΑΠΘ, Διδάσκουσα στο Τμήμα Πολιτικών Επιστημών του ιδίου Πανεπιστημίου και στο Τμήμα Ιστορίας και Εθνολογίας του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης, Επισκέπτρια καθηγήτρια του Πανεπιστημίου της Τιμισοάρα (Ρουμανία) και του Πανεπιστημίου της Αλαμπάμα (Τουσκαλούσα, Η.Π.Α.), μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής για την Αναβάθμιση της Θρησκευτικής Παιδείας των Ιεροδιδασκάλων του Ισλάμ (Υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων), ιδρυτικό μέλος και μέλος του Δ. Σ. της Scientific Association for Ibadism and Ibadi Studies, ιδρυτικό μέλος και μέλος του Δ.Σ. της Επιστημονικής Εταιρείας Σπουδών Μέσης Ανατολής, και της Συμβουλευτικής Επιτροπής της Εκδοτικής Σειράς Ορθόδοξης Θεολογίας «Doxa & Praxis: Exploring Orthodox Theology» (WCC Publications, Γενεύη).
