Ο Τομέας Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων και Κειμηλίων ιδρύθηκε το 2014 και ασχολείται με τη συστηματική μελέτη, καταγραφή, συντήρηση και ανάδειξη των εκκλησιαστικών μνημείων και κειμηλίων (φορητές εικόνες, ξυλόγλυπτα, χειρόγραφα, αντικείμενα μικροτεχνίας) τόσο σε εθνικό όσο κυρίως σε τοπικό επίπεδο.
Η σύσταση εξειδικευμένης βιβλιοθήκης για την προώθηση της έρευνας, η οργάνωση ψηφιακού αρχείου καταγραφών μνημείων και αντικειμένων και ψηφιακού φωτογραφικού αρχείου, η μουσειογραφική μελέτη και ανάδειξη τοπικών συλλογών εικόνων και κειμηλίων, ο σχεδιασμός πολιτιστικών διαδρομών στο πλαίσιο της ανάπτυξης του θρησκευτικού τουρισμού της περιοχής, με στόχο τη γνωριμία του ευρύτερου κοινού με τα βυζαντινά και μεταβυζαντινά μνημεία της Μαγνησίας, η ανάληψη ερευνητικών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων και η διοργάνωση επιστημονικών συνεδρίων σε συνεργασία με τους αρμόδιους φορείς του Υπουργείου Πολιτισμού, της πανεπιστημιακής κοινότητας και της τοπικής αυτοδιοίκησης, περιλαμβάνονται στους κύριους στόχους του Τομέα.
Διευθύντρια του Τομέα Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων και Κειμηλίων ορίστηκε η Μαρία Νάνου, Θεολόγος-Βυζαντινολόγος, ΜΑ Ιστορίας της Βυζαντινής Τέχνης του Πανεπιστημίου της Σορβόννης (Paris I-Panthéon-Sorbonne).
Η Ακαδημία Θεολογικών Σπουδών εξετάζει την περαιτέρω διεύρυνση των ερευνητικών της τομέων (Τομέας Φιλοσοφίας και Πατερικής Θεολογίας, Οικουμενικής Θεολογίας, Θεολογίας και Επιστημών του Ψυχισμού, Κατηχητικής και Διδακτικής των Θρησκευτικών, κ.ά.) στο μέλλον.